Рассматривается применение хромато-масс-спектрометрии для достоверной идентификации и изучения фрагментации ионизированных молекул метил-трет-бутилового эфира в крови человека. На основании регистрации масс-спектра ионов метил-трет-бутилового эфира определена структура, молекулярная масса, элементный состав молекулы метил-трет-бутилового эфира. Установлены характеристические ионы (основной и подтверждающие ионы) и определено хроматографическое время удерживания. В процессе выполнения идентификации метил-трет-бутилового эфира в образце крови на масс-спектрограмме установлен пик, который является результатом взаимного наложения нескольких индивидуальных соединений-изомеров с совпадающими временами удерживания: 2-метилпентан, метилтретбутиловый эфир и 3-метил-пентан. Для оптимального разделения идентифицированных изомеров в процессе исследований обосновано использование двух последовательно соединенных капиллярных колонок различной полярности. This article details the applying of GC-MS for accurate identification and study the fragmentation of ionized molecules of methyl tert-butyl ether in human blood. Basing on the reception of mass spectrum of ions of methyl tert-butyl ether the structure, molecular weight, elemental composition of a molecule of methyl tert-butyl ether are defined. The characteristic ions (primary and confirming ions) of methyl tert-butyl ether are detected and the chromatographic retention time is determined. In the process of performing of identification of methyl tret-butyl ether in a blood sample on the mass spectrogram the peak is set which is the result of overlap of several individual peaks of the compounds-isomers with the identical retention times: 2methylpentane, methyl tert-butyl ether and 3-methyl pentane. To eliminate low resolution in the studies two consecutive capillary columns were used.